โดยน้ำลายจะช่วยในการป้องกัน ฟันผุ ได้ ก็ต่อเมื่อต่อมน้ำลายต้องทำงานได้ปกติ ไม่มีปัญหาสุขภาพที่ต้องรับประทานยาบางประเภท หรีอมีภาวะอื่น ๆ ที่ส่งผลให้ปริมาณการผลิตน้ำลายหรืออัตราการไหลของน้ำลายลดลง ซึ่งบทบาทของน้ำลายที่ช่วยป้องกันฟันผุ มีดังนี้
1. น้ำลายช่วยในการชะล้าง ลดการการติดของจุลินทรีย์ในช่องปาก
2. น้ำลายช่วยเจือจางกรดหรือทำหน้าที่เป็นสารบัฟเฟอร์ เพื่อช่วยควบคุมความเป็นกรดด่าง(pH)ในช่องปากให้อยู่ในระดับที่เหมาะสม คือ สภาพpHในช่องปากที่ไม่ส่งเสริมให้เกิดการละลายแร่ธาตุจากผิวฟัน
3.น้ำลายช่วยในการคืนกลับของแร่ธาตุ กรณีเกิดรอยโรคฟันผุที่ชั้นเคลือบฟันแล้ว แต่ยังไม่ผุจนเป็นรู โดยแคลเซียมและฟอสเฟต ซึ่งเป็นองค์ประกอบในน้ำลาย จะซึมกลับไปซ่อมแซมผิวฟันส่วนรอยโรคฟันผุ เมื่อสภาพในช่องปากมีความเหมาะสม
อย่างไรก็ตามการที่ ฟันผุ นั้น เกิดจากการมีแป้งและน้ำตาลที่พบในอาหารติดค้างในซอกฟันหรือช่องปาก จุลินทรีย์ในช่องปากโดยเฉพาะ สเตรปโตคอคคัส มิวแทนส์ (Streptococcus mutans) จะทำหน้าที่ย่อยแป้งและน้ำตาล จนเกิดกรดขึ้น ซึ่งกรดจะไปละลายแร่ธาตุจากผิวเคลือบฟัน ทำให้ฟันผุ