ด้วยเหตุที่โรคไฟทอปธอราในทุเรียน เป็นโรคที่ป้องกันกำจัดยากที่สุด เมื่อเปรียบกับโรคอื่นๆ เกษตรกร จึงต้องใช้หลายวิธีการร่วมกัน คือ พ่นสารเคมีทางใบ ฉีดสารเคมีเข้าลำต้น และ ถากเปลือกลำต้นบริเวณแผลเน่า แล้วทาด้วยสารเคมี แม้กระนั้น ก็เป็นเพียงการรักษาโรคได้เพียงชั่วคราว หรือเป็นการยืดเวลาให้ต้นทุเรียนที่เป็นโรคทรุดโทรมช้าลง เท่านั้น
